De formación autodidáctica, este talentoso músico dio sus primeros pasos como bongosero cuando apenas contaba ocho años. A los diez se concentró en la ejecución del timbal y en 1964 contando entonces trece, emprendió su trayectoria profesional formando parte del combo Negy y Sus Rítmicos. Poco después pasó a la Orquesta Corporación Latina, dirigida por el pianista Charlie Collazo.

Durante las etapas que lo consolidaron entre los timbaleros más competentes del panorama salsero internacional, están sus pasantías junto a Richie Ray y Bobby Cruz, y Eddie Palmieri, también desarrolló una notable actividad como sesionista, habiendo participado en producciones discográficas de gran número de solistas y orquestas. Incluso, en un álbum del célebre cantautor norteamericano Paul Simon.

En 1985 colaboró con José Manuel Hidalgo Allende Mañengue y Guillermo Otero Luna en la musicalización de la obra teatral Los negros, original de Jorge Rodríguez, presentada en la Sala Experimental René Marqués, del Centro de Bellas Artes Luis A. Ferré. Aquella producción fue protagonizada por Lydia Echevarría, Julio Axel Landrón y otros notables actores. Charlie integró el conjunto de percusionistas participante.

Durante la década de los ‘90 trabajó intermitentemente con Roberto Roena y Su Apollo Sound y las orquestas de Tommy Olivencia, Paquito Guzmán, Marvin Santiago y Raúl Carbonell, hijo. En varias oportunidades volvió a unirse a las bandas de Richie Ray y Bobby Cruz y Eddie Palmieri.

Durante sus últimos años como músico, Charlie Cotto alternó su actividad musical con desempeño como estibador y maletero formando parte de la Unión de Trabajadores de los Muelles, en San Juan.