Posteriormente a sus 12 años trabaja como estibador junto a su padre.

Se inició en la música ritual afrocubana como una forma de superar una sucesión de tragedias que marcaron su infancia. Liderado por Jorge Santana, (Malo) desarrolla un estilo único de funky rock chicano, donde las congas tienen la misma importancia melódica que la guitarra eléctrica. Así, se convierte en el primer músico en tocar cinco congas al tiempo y obtiene un reconocimiento universal.

Aguabella dejó Cuba, a mediados de la década de 1950, para actuar con Katherine Dunham en la película de Shelley Winters Mambo, rodada en Italia. Después de una gira de conciertos con Katherine Dunham, se trasladó a Estados Unidos, para tocar con Peggy Lee, durante siete años. Francisco formó parte de los grupos de percusionistas cubanos que se asentaron en la escena norteamericana del jazz, en los años 1940-50, entre los que estaban Chano Pozo, Mongo Santamaría, Armando Peraza, Julito Collazo, Carlos Vidal Bolado, Modesto Durán, entre otros. A lo largo de su carrera, actuó en Europa, Australia, América del Sur y Estados Unidos. (Incluida la Casa Blanca), realizando un gran número de grabaciones con distintos figuras de la música.

Entre otros músicos de jazz, Aguabella trabajó con Dizzy Gillespie, Tito Puente, Mongo Santamaria, Frank Sinatra, Eddie Palmieri, Cachao, Lalo Schifrin, Cal Tjader, Nancy Wilson, Poncho Sánchez o Bebo Valdés.

Protagonizó dos documentales, Sworn to the Drum del cineasta Les Blank, y Aguabella del actor y director Orestes Matacena (The Mask, Bitter Sugar). También ha sido habitual, junto con su banda, en programas de televisión (The Orlando Jones Show, en FX TV, por solo nombrarle algunos).

A partir de 1970, formó parte, primero de la banda de rock latino Santana (1969-1971), y a partir de 1973, del grupo de jazz rock, Malo, liderado por Jorge Santana.​ Su especialidad fueron las congas y los tambores Batá, desarrollando además una importante labor docente.

En 1992, ganó el National Heritage Fellowship de la National Endowment for the Arts. Se instaló en Los Ángeles, California, dando clases para especialistas en la UCLA.

Entre su discografía se encuentran: en 1962 Dance The Latin Way, De 1977 Hitting Hard (Epsilon), 1993: Oriza: Santería, Religión Afrocubana (Cubop/Ubiquity Records), en 1999: Agua de Cuba (Cubop), 1999: H2O (Cubop), 2002: Cubacan (Cubop), 2002: Cantos a los Orishas (Pimienta Records), 2004: Ochimini (Cubop). Como colaborador: Con The Doors, Other Voices (1971), y con Paul Simon, The Rhythm of the Saints (1990).

Y entre sus canciones figuran: Entre sus canciones más representativas se encuentran: Anna María, Agua de Cuba, Mambo for Puente, Wood Place, Funky Cha, Agua Limpia Todo, Marchando Bien, entre tantas otras.

Sin duda una gran figura, quien tiene un lugar privilegiado dentro de la historia de la afrocaribeña.