En su adolescencia comenzó a coleccionar grabaciones de famosos congueros, como Cándido Camero, Armando Peraza, Francisco Aguabella, Mongo Santamaría, entre otros. Lo que comenzó como un pasatiempo floreció a una profesión excitante para Santos, como percusionista, productor musical, escritor y profesor. Por medio de su colección de discos comenzó a estudiar y aprender sobre la música afrocubana y latina en general. La colección de Santos incluye una grabación hecha en Cuba en 1908, y él, confiesa una fascinación con la música cubana. Todavía como estudiante de secundaria, Santos fue expuesto a la música de Carlos Santana, que le interesaba porque combinaba música rock con música latina y congas.

Se ha destacado como un excelente percusionista y folklorista, promoviendo la herencia musical antillana en el norte de California. En su adolescencia comenzó a coleccionar grabaciones de famosos congueros, como Cándido, Armando Peraza, Francisco Aguabella, y Mongo Santamaría. Por medio de su colección de discos comenzó a estudiar y aprender sobre la música afro-cubana y latina en general. La colección de Santos incluye una grabación hecha en Cuba en 1908, y él confiesa una fascinación con la música cubana. Todavía como estudiante de secundaria, Santos fue expuesto a la música de Carlos Santana, que le interesaba porque combinaba música rock con música latina y congas.

Su extensa exploración de la música afro-latina le ha merecido créditos en conciertos y grabaciones con Eddie Palmieri, Cal Tjader, Lalo Schifrin, Irakere West, Danilo Pérez, Dizzy Gillespie, Tito Puente, Max Roach, Los Papines e Ignacio Berroa, organizó la orquesta Batachanga, una de las mejores charangas que ha surgido en territorio estadounidense.

Es también el fundador y director del Machete Ensemble, reconocido por integrar formas afrocubanas tradicionales con instrumentación contemporánea y vibrantes arreglos. La banda tocó su repertorio totalmente original en el Festival de Jazz de La Habana el año pasado, y ha compartido el escenario y el estudio con muchas figuras estelares del jazz afrocubano, incluyendo a Cachao, Armando Peraza, Chocolate Armenteros, Francisco Aguabella, Carlos Santana, Orestes Vilató y Steve Turre. Machete ha lanzado varios álbumes, incluyendo el aclamado África. Además, Santos ha completado un álbum con el pianista Omar Sosa. Santos señala que tocar congas en un parque de su ciudad, fue una tradición establecida, hasta que lo arrestaron junto a otros compañeros músicos, acusados de romper la paz pública. Estos arrestos causaron mucha controversia y los cargos más tardes fueron retirados cuando surgieron acusaciones de racismo e intimidación por parte de la policía.

En 1988 John viajó a Europa, donde permaneció durante dos meses dando conferencias. Ese mismo año grabó el álbum África, Vol. 1 con el grupo Machete, con artistas especiales como Steve Turre, Orestes Vilató y Armando Peraza, que incluye mezclas de jazz latino y raíces africanas muy fuertes.

Percusionista consumado, Santos ha colaborado con grupos como Batucaje en el festival de jazz de Monterey y Cal Tjader en el Great American Music Hall. También ha enseñado en el Haight Ashbury Music Center, ha sido instructor en un taller de percusión en Mission High School, el primero de esta clase en las escuelas públicas de San Francisco. Ha creado además una serie de clases etnomusicales únicas y populares llamadas Raíces de salsa.

Trabajó como programador y locutor de un programa en la estación de radio KPOO-FM en San Francisco, y escribe artículos para revistas internacionales como Modern Percussionist y Modern Drums.