Luego integró la de Mariano Mercerón y sus Muchachos Pimienta, con la que cantaban, además, Pacho Alonso y Alfonso Eliseo; con esta agrupación viajó a Haití.

En 1953, Benny Moré fundó su Banda Gigante y pasó a cantar con esta orquesta.

En 1956, en sustitución de Roberto Faz, comenzó a trabajar con el Conjunto Casino. Grabó boleros de José Antonio Méndez, Rolando Rabí, Piloto y Vera, Ernesto Duarte, Isolina Carrillo, Frank Domínguez, Marta Valdés, entre otros. Posteriormente se dedicó a cantar como solista, y como tal grabó con las orquestas de Benny Moré, Bebo Valdés, Ernesto Duarte, la Orquesta Aragón, y paremos de contar.

En La Habana, se comentó que Fernando Álvarez había sido rescatado del olvido por el presidente panameño Omar Torrijos, cuando visitó Cuba en enero de 1976. Según decían, Torrijos era fan de los boleros de Álvarez y aprovechó su estancia en la isla para conocerlo. Al parecer, Fernando habría sido relegado al olvido, igual que ocurrió con muchos músicos, compositores e intérpretes, como Carlos Embale, Ibrahim Ferrer, Compay Segundo. Rubén González y Pío Leyva, entre otros.

Declaró en una entrevista que le gustaría ser recordado «como un humilde cantante de boleros». Anteriormente había confesado que no pudo estudiar música, ni siquiera recibió una clase en su vida. «Había mucha hambre y debíamos trabajar en lo que fuera».

En el 2001 grabó el disco de boleros Sé feliz, con letras de Descemer Bueno, que se lanzó en 2008 bajo el sello EGREM.