De este pasó al Conjunto Libertad, que dirigía Juan Ortiz y donde coincidiría con quien sería uno de sus inseparables compañeros del arte, Ignacio Caraballo. Fue aquí cuando su carrera musical dio un giro trascendental. Mario, que entonces tocaba el bajo, intercambió el instrumento con Rafael Casaigne (Felo) por el tres. Y desde entonces el boricua y el tres cubano se hicieron compañeros inseparables.

Según contaba el propio artista, su encuentro con el tres ocurrió tras escuchar el instrumento de manos de Piliche, del Sexteto Puerto Rico. Mario quedó cautivado por su sonido, y aunque para esa fecha ya dominaba la guitarra, el bajo y el bongó, corrió a su casa para improvisar con su primer tres de manera experimental.

En los inicios de la década de 1950, Mario Hernández organizó la afamada agrupación Los Diablos del Caribe. El grupo que contaba con Cecilio Ignacio Caraballo como cantante principal logró establecerse con fuerza en el gusto popular gracias a éxitos como Mi único amor, Pica mi gallo, Enamorado y el picaresco La polla. Con amplia difusión en las ondas radiales, los temas de la agrupación proliferaron en las velloneras de la década de 1950, mientras Hernández figuró en ellos como segunda voz y tresista. Y fue con Los Diablos del Caribe que, según datos de la época, el cantante dominicano Alberto Beltrán grabaría antes de hacer lo propio con La Sonora Matancera de Cuba.

Mario establecería su residencia en la gran urbe a mediados de la década de 1950 donde fundaría el Sexteto Borinquén. La agrupación con la cual grabaron cantantes como Daniel Santos, Davilita, Felipe Rodríguez La Voz y Panchito Riset alcanzó gran popularidad en el mercado hispano de Nueva York, así como trascendió en suelo nacional por sus innumerables grabaciones para los sellos Ansonia y Borinquén.

Ya en la década de 1970, el músico y compositor experimentó una nueva etapa musical junto a Ismael Rivera y sus Cachimbos. Fue con Mario Hernández que Maelo cantó por primera vez en una ocasión que Hernández se presentaba en un local de la avenida Borinquén. Con el paso de los años, Rivera se convertiría en una figura estelar y cuando llegó el momento de necesitar un tresista, el Sonero Mayor pidió a sus productores que contrataran a don Mario Hernández.

Con Ismael Rivera y sus Cachimbos viajó a varios países sin dejar de realizar su labor con el Sexteto Borinquén. Pero entre los momentos que compartieron en escena quedó uno para la posteridad: la grabación del clásico Las caras lindas, del compositor Tite Curet Alonso.

Hernández regresaría a Puerto Rico en las postrimerías de la década de 1990. Aquí su carrera continuó activa actuando en plazas públicas, espectáculos y actividades privadas. Público tras público a todos le llamaba la atención el que en la madurez de su vida continuara actuando con energía y fuerza respetable sin perder su esencia. De hecho, en 2001 celebró sus 45 años en el arte a son de guarachas, danzas, pasodobles y boleros junto a sus compañeros Vicente Andino (sonero), Milton Correa (bongó), Ángel de Jesús (trompeta), Phillip Villanueva (bajo) y su inseparable Ignacio Caraballo (primera voz). Y en 2006 fueron una de las atracciones del concierto Sobre todas las cuerdas que se presentara en el Centro de Bellas Artes de Santurce como parte del Festival Interamericano de las Artes.

Tres años más tarde, el músico cubano Yan Carlos Artime lo reclutó para grabar el disco Recuerdos que lleva el viento. La producción contó con ocho temas en los que compartió estelares con Ignacio Caraballo.

Recuerdos que lleva el viento recibió aplausos de la crítica especializada, siendo también distinguida como una de las producciones más sobresalientes del año por la Fundación Nacional para la Cultura Popular.

La búsqueda de un tresista para la grabación de un tema llevó al pianista Artime a encontrar un tesoro en el maestro Mario Hernández. Y convencido del valor de su aportación, compartió estelares en su debut discográfico con el veterano artista, fundador del legendario Sexteto Borinquén. Recuerdos es un ejercicio válido de creatividad donde se abordan clásicos como: Son de la loma, El cuarto de Tula, Dos gardenias y Convergencia. Y en su viaje a la nostalgia gana autenticidad contando también con las voces de Vicente Titín Andino e Ignacio Caraballo, apuntó la organización en su selección de 2009.

Mario Hernández falleció el 2 de enero de 2013 dejando un legado de más de 250 grabaciones discográficas y el recuerdo de sus innumerables actuaciones en el corazón de su Puerto Rico.