Poco después debutó profesionalmente con la banda del señor Bolívar Vidal. Luego paso a tocar con el grupo del venezolano  Randy Carlos, con quien grabó el tema Smoke, y  más tarde con el Sexteto La Playa  donde grabó Coco Seco. Eventualmente pasó a formar parte del grupo de Orlando Marín y luego de la banda del señor Quique Monsanto antes de unirse a la orquesta La Magnífica (fundada en 1964)  como colíder.

En 1964 aparece el primer álbum, At Last-La Magnífica para Remo Records. Con este álbum Pabón revolucionó el ambiente latino al colocar varias piezas de su autoría en las radios de Nueva York, pero lo más importante fue que estos éxitos estaban fusionados en un ritmo muy de moda en el condado del Bronx, llamado boogaloo. No obstante, fue la orquesta de Pete Rodríguez a través de los arreglos y composición de Tony Pabón quien  le impregnó el tinte latino. Esta variable a la música americana le impregnó un sabor moderno y pegajoso para la juventud del 60.

Varios fueron los éxitos que desbordaron en los clubes de la comunidad latina de Nueva York, y por supuesto en varios países de América Latina y el Caribe; entre muchos se destacan: I Like It (I Like It Like That), El Hueso, Pete’s Madness, el clásico Micaela, Si Quieres Bailar, Soy El Rey, Así, Así, Pete’s Boogaloo (Descarga Boogaloo), y paremos de contar.

En noviembre de 1969, el señor Pabón abandonó la orquesta de Pete Rodríguez, para dirigir una banda cooperativa llamada La Protesta, la que debutó en el ballroom Le Abalon, en el Bronx, el 21 de noviembre de 1969 y con esta banda diseminó las principales semillas de un estilo que ya a comienzos de los setentas se llamaría Salsa.

Una ruptura del páncreas durante un baile de fin de año en Nueva York lo obligó a retirarse de la música y bajo sus profundas convicciones religiosas Tony se entrega a la religión. Entonces funda su iglesia y la pasa a dirigir, y mantuvo sus convicciones hasta el final de su vida.