En 1925 integró, como fundador, el Trío Matamoros, con Miguel Matamoros y Siro Rodríguez. Con el Trío se trasladó en 1928 a Nueva Jersey para hacer varias grabaciones;

En 1929 fueron a México y recorrieron todo el estado de Mérida; En 1930 actuaron en Santo Domingo y Puerto Rico; En 1932, en España, se presentaron en Santander, Oviedo, Gijón, Pavia, Avilés, Mier, La Coruña, Pontevedra, Santiago de Compostela, Orense, El Ferrol, Barcelona, Galicia y Madrid; en la capital española actuaron en el Lido, y allí se encontraron con Eliseo Grenet.

En París se presentaron en el Ambassador y en el Empire, y en 1933 estuvieron en Lisboa. Poco después de su regreso a La Habana, pero ese mismo año, parten para Venezuela, después Aruba y Curazao y, en 1934, Colombia, Panamá, y otra vez Nueva York para continuar sus grabaciones. Los años 1935 y 1936 los pasan en La Habana;

En 1937 vuelven a Nueva York, Brasil, Buenos Aires, Chile, Lima.

En 1939 regresan a Cuba, y hasta 1943 trabajan en el Hotel Nacional.

En 1945 viajan a México con Benny Moré; En 1947 viajan de nuevo a Santo Domingo; En 1948 a Venezuela, y otra vez a Nueva York.

De 1950 a 1955 permanecen en Cuba, pero este último año viajan a Puerto Rico.

En 1956 a Santo Domingo, Nueva York y de nuevo a Panamá y Venezuela, donde actuaron en El Patio Andaluz y el Coney Island.

En 1959 están en Cuba, pero ese mismo año viajan a Nueva York, adonde regresan en 1960; de regreso en Cuba, se retiran, el 10 de mayo de este último año.

Según Vicente González-Rubiera (Guyún), Rafael Cueto creó un modelo rítmico (tumbao), a base de bajos cantantes al cual le agregó la percusión. Ese tumbao, además de armónico, resaltaba por su eminente sabor rítmico cubano, que engrandecía el sabrosísimo rayado que hacía Miguel en la guitarra. Al no hacer el rayado de Miguel, Cueto evitaba la cacofonía, tanto rítmica como armónica; empleaba un ritmo totalmente distinto, más los bajos que realizaba, en cuyos tumbaos introducía una polirritmia nunca antes escuchada.