Aunque no fue el primer artista ni el único en mezclar el canto estilo Doo-wop con los ritmos latinos, su particular talento llamó la atención del recién creado sello Fania Records. Firmó con la Fania en 1966 y publicó Gypsy Woman en 1967, una versión de los Temptations. La canción fue un total éxito en el mercado latino de Nueva York y echó las fundaciones de la Latin soul.

Publicó ocho discos originales para la Fania incluido el famoso Riot. Estos discos combinaban ingeniosamente las canciones Latino de ritmo desenfrenado cantadas en castellano con baladas Soul en inglés cantadas por Bataan.

Como cantante, la reputación de Joe en la escena Latina de aquella época solo estaba igualada por la de Ralfi Pagan o Harvey Averne.

Bataan se aprovechó entonces de sus éxitos para lanzar su propia casa discográfica de música Latina, Ghetto Records. Produce varios discos para distintos artistas en el mismo estilo como Papo Felix, Paul Ortiz o Eddie Lebron, entre otros.

En 1973, participa de la creación del término salsoul, prolongando el mestizaje y le dio el nombre a su primer disco post Fania. Se asocia con los hermanos Cayre y fundó el label Salsoul label. Grabó tres discos para Salsoul y varios singles de los cuales Rap-O Clap-O, publicado en 1979, el primer éxito hip hop.

Después de su disco de 1981, Bataan II, en 2005 Joe Bataan sale de un largo silencio y saca Call My Name, un disco muy bien acogido por la crítica para el sello español Vampisoul. Esas ocho canciones de Latin soul demuestran que Míster New York no había perdido nada de su talento.

En febrero de 2008, dio dos conciertos junto al grupo español de boogaloo, Los Fulanos, en la sala El Sol de Madrid y en la sala Apolo de Barcelona que se materializó un año después en un disco de versiones de sus más famosas canciones y alguna rareza llamado King Of Latin Soul de 2009, también con el sello Vampisoul.