En 1953 organizó la agrupación familiar Grupo Folklórico Trapiche. En el 1954 formó parte del grupo Los Caballeros de la Bomba. Grabó varios discos de Bomba y Plena en los años 70: Don Rafael Cepeda Patriarca de la Bomba y «Así es la Plena. Centenares de sus composiciones han sido grabadas por agrupaciones de artistas de Puerto Rico y el exterior, de todas ellas las de más éxito: la plena El Bombón de Elena, A la Verdegué, el aguinaldo Flores de Amistad, y paremos de contar.

Don Rafael falleció a consecuencia de un infarto cardíaco en la residencia de su hijo Jesús Manuel, en Carolina, a las 11 : 00 de la mañana del 21 de julio de 1996.

Poco tiempo antes, la Legislatura de Puerto Rico le había rendido homenaje y asignado una pensión vitalicia en reconocimiento a su valioso legado cultural. Fue sepultado en el Cementerio de Villa Palmeras. Ocho días después de su deceso (julio 29), al registrarse legalmente en el Departamento de Estado de Puerto Rico, quedó constituida la Fundación Folklórica Cultural Rafael Cepeda, creada por sus hijos y por iniciativa de Jesús Manuel. Su sede ubica en la Calle Progreso 332, en Villa Palmeras. Más adelante (1997), sus herederos inauguraron la Casa Museo Rafael Cepeda en el mismo lugar y la calle donde, precisamente, están localizadas dichas instituciones y el camposanto donde reposan sus restos, fue rebautizada con su nombre.

Al año siguiente ( julio 31 – agosto 2, 1998 ), en colaboración con el Instituto de Cultura Puertorriqueña ( ICP ), instituyeron también el Festival de Bomba y Plena Rafael Cepeda que, desde entonces, se ha celebrado anualmente en el estacionamiento del Estadio Municipal Hiram Bithorn, en Hato Rey. En su primera jornada participaron Andy Montañez & Orquesta, Anthony Carrillo y Sus Rumberos, Gary Núñez & Plena Libre, Los Pleneros de la 23 Abajo, Los Pleneros del Almendro, el Ballet Folklórico Hermanos Ayala, los grupos Plenéalo, Bombalé, Mapeyé, la Rondalla de Carolina, Mario Donate y Sus Títeres y, naturalmente, el Ballet Folklórico de la Familia Cepeda.

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