Años más tarde, entre 1939 a 1944, forma parte de la orquesta del saxofonista Frank Madera con quien inició una carrera como cantante profesional. Santitos que para ese entonces era menor de edad, solo podía presentarse en shows diurnos. Al mismo tiempo se uniría con Mon Rivera y Germán Vélez que se hacían llamar El Dúo Los Huastecos. Con ellos realizaron giras por el oeste de Puerto Rico interpretando rancheras, corridos y huapangos.

Luego de separarse de la orquesta de Frank Madera, Santos Colón viaja a San Juan en Puerto Rico y se une al pianista William Manzano con quien actúa por unos meses para luego ser llamado por el trompetista Miguelito Miranda con el fin de formar parte de su orquesta. Con esta agrupación realizó su primera grabación de nombre Dímelo, un bolero grabado en 1948 y composición del propio Miguelito Miranda.

Al año siguiente se uniría con Gilberto Monroig y su orquesta Tropicana que era dirigida por el pianista Rafael Elvira.

En 1950, decide probar suerte y viaja a Nueva York, y ya estando en la gran manzana, ingresa a la orquesta del trompetista puertorriqueño Jorge López permaneciendo aproximadamente en esa agrupación por un tiempo de dos años. Luego pasa a las filas de la orquesta del saxofonista español Tony Novo.

En 1953 se unió a la banda del pianista cubano José Cúrbelo, con quien grabó para el sello Fiesta, el álbum José Cúrbelo & Orquesta: Wine, Woman & Cha-Cha-Chá. Con Cúrbelo es donde conoce a diferentes artistas del medio musical latino como Mongo Santamaría y Willie Bobo que lo recomiendan con Tito Puente, con quien llega a un acuerdo y comienzan una relación laboral y de amistad.

Con Tito Puente permaneció durante diecisiete años. Pasó por varias etapas de la orquesta, grabó alrededor de veinte discos y tuvo la oportunidad de viajar a gran parte del mundo como Europa, África y Asia.

En 1969, la disquera Fania decide apoyarlo musicalmente y lo lanza como cantante solista dando por finalizado su etapa con Tito Puente, aunque su vínculo profesional con él, no terminó ya que El Rey del Timbal orquestó y dirigió la producción de su álbum debut A Portrait of Santos Colón, así como la mayoría de sus álbumes. Con The Fania All Stars participó en por lo menos quince grabaciones, entre ellas las presentaciones estelares y los viajes a África, Japón, Cuba, Estados Unidos y Latinoamérica. ​

El Viernes 13 de septiembre de 1991, se le realizó un homenaje con motivo de sus 56 años en el mundo de la música en el Centro de Convenciones del Condado, en donde asistieron amigos como Tito Puente, Ruth Fernández, Andy Vázquez & The Mambo Aces, Andy Montañez, Cheo Feliciano, Willie Rosario, Ismael Miranda, Paquito Guzmán, Chucho Avellanet, Tony Vega, Mary Pacheco, Trío Los Condes, Trío Voces de Puerto Rico, Carmín Vega, Joey Hernández y Mandy Vizoso, quien dirigió la orquesta acompañante.

La amistad que tuvo con Tito Puente lo llevó a participar en el 50 aniversario del rey del timbal en el año 1997.