En 1940 se trasladó para La Habana, donde trabajó como pianista de las orquestas de los cabarés Cabaret El Kursal, Cabaret Panchín y Cabaret Pennsylvania, y después se incorporó a la de Paulina Álvarez, Hermanos Palau, Julio Cueva, entre otros.

En 1943 a la Casino de la Playa, dirigida por Liduvino Pereira; Cubaney, dirigida por Pilderón, esta fue la primera que ejecutó arreglos de Pérez Prado, que actuaba en la radioemisora Mil Diez, y en la de CMQ, dirigida por Carlos Ansa.

En el año 1946 fundó su orquesta, con la que viajó a Argentina y Venezuela; ese mismo año viajó a Nueva York, Estados Unidos, donde hizo orquestaciones para el violinista catalán Xavier Cugat: Dice mi gallo, de Iván Fernández, y para los cantantes cubanos Desi Arnaz: Juan pesca´o y El caimán, y a Miguelito Valdés: Negro soy, de Eliseo Grenet.

En octubre de 1949 de la mano de Kiko Mendive se estableció en México.

La gran era del mambo en Nueva York puede fijarse en una fecha: 1952, cuando el Palladium presentó las bandas de Tito Puente, Tito Rodríguez y Frank Grillo (Machito), mientras Pérez Prado con su orquesta recorría el país de costa a costa.

Entre sus obras están: Caballo negro, Concierto para bongó, Cuban mambo, El politécnico, Lupita, ¿qué le pasa a Lupita?, Mambo batiri, Mambo núm. 1, Mambo núm. 5, Mambo núm. 8, María Cristina, y paremos de contar.

Aunque había obtenido su primer éxito con ¡Qué rico el mambo! y Mambo núm. 5, en la década del 60´ Pérez Prado experimentó con otros ritmos: dengue, suby, pau pau, la culeta, la chunga, mambo-twist, rockamambo, pero con ninguno alcanzó lo logrado con el mambo, e incluso con la Suite exótica de las Américas. En su música están presentes los más disímiles géneros de la música cubana: chachachá, son, rumba, guajira, así como elementos de la música culta occidental, armonía, cluster, entre otros.

Sin duda un gran músico, referencia obligada al hablar de las grandes figuras de nuestra música afrocaribeña.